A Fortran 90-ben kétfajta alprogram létezik, a függvény és a szubrutin. A különbség a két különböző alprogram között az, hogy míg a függvények csupán egy értéket adnak vissza, addig a szubrutinok sokkal „rugalmasabbak” visszaadhatnak egy, több, vagy akár nulla értéket is a szubrutint meghívó programnak.
A szubrutinok általános felépítése:
A szubrutin argumentumait a szubrutin neve után írjuk zárójelben, egymástól vesszővel elválasztva.
Ha a szubrutinnak nincsenek argumentumai, akkor a szubrutin neve után üres zárójelet teszünk.